Une réforme budgétaire contestée
Par décision du 26 mars 2026, le Conseil d’État clôt le cycle contentieux sur la réforme de l’indemnisation des arrêts maladie dans la Fonction publique. Issue de la loi de finances pour 2025, entrée en vigueur le 1ᵉʳ mars 2026, cette mesure a réduit de 100 % à 90 % le niveau d’indemnisation versé aux agents publics durant les trois premiers mois de leur arrêt maladie. Dès son entrée en application, la réforme a suscité une opposition syndicale forte, donnant lieu à plusieurs actions contentieuses.
Après une première tentative infructueuse de suspension de la mesure, puis le refus du Conseil d’État (en juillet 2025) de transmettre une question prioritaire de constitutionnalité, les organisations syndicales ont poursuivi leur stratégie contentieuse en contestant les décrets d’application sur le fond. Deux recours distincts ont été déposés par le syndicat Action et Démocratie et la Fédération des services publics CFE-CGC, contre l’extension de la baisse d’indemnisation à l’ensemble des composantes de la rémunération.
Une rupture d’égalité avec le secteur privé ?
L’argument principal avancé par les requérants reposait sur une atteinte au principe d’égalité avec les salariés du secteur privé. Cet argument a été écarté par le Conseil d’État, s’inscrivant ainsi dans la continuité de ses premières positions (notamment sur la question prioritaire de constitutionnalité). La juridiction rappelle que les agents publics se trouvent dans une situation objectivement différente de celle des salariés du secteur privé, notamment en matière de régime de protection sociale et de droits liés aux congés maladie. En conséquence, la différence de traitement invoquée ne saurait être qualifiée de discrimination.
Les juges administratifs soulignent également que les décrets litigieux poursuivent un objectif d’harmonisation des règles applicables aux différentes catégories d’agents publics, en alignant les modalités d’indemnisation sur le taux désormais fixé par la loi.
Par ailleurs, les arguments relatifs aux effets potentiels de la réforme sur la santé des agents sont également rejetés. Les syndicats faisaient notamment valoir que la diminution de l’indemnisation pourrait dissuader les agents de recourir aux arrêts maladie ou porter atteinte à certains droits protégés par des conventions internationales. Toutefois, ces éléments ont été jugés insuffisamment étayés par le Conseil d’État.
Un ancrage durable de la réforme
La haute juridiction administrative a ainsi rejeté l’ensemble des recours dont elle était saisie, sans estimer nécessaire de solliciter l’avis de la Cour européenne des droits de l’homme. Cette décision consacre ainsi la validation pleine et entière du dispositif réglementaire venant compléter la réforme de l’indemnisation des arrêts maladie dans la Fonction publique.
Sauf évolution contentieuse ultérieure au niveau européen, la baisse du taux de remplacement à 90 % apparaît désormais solidement inscrite dans le cadre statutaire applicable aux agents publics.